Das Kurssystem ist einer unserer wesentlichen Pfeiler am Akademischen Gymnasium. Im Laufe der Oberstufe (von der 6. bis zur 8. Klasse) absolvieren unsere Schülerinnen und Schüler mindestens 10 Kurse aus unterschiedlichsten Fachbereichen und haben so die Möglichkeit, ihren Begabungen Interessen entsprechend, gezielt jene Themen zu wählen, über die sie mehr erfahren wollen. Dabei ist es auch möglich, den einen oder anderen Kurs zusätzlich zu belegen.
Statt der sonst üblichen Wahlpflichtfächer gibt es ein sehr vielfältiges Programm, das eine breit gefächerte Palette an interessanten Inhalten aus den verschiedensten Wissensgebieten bietet. Die Kurse finden im Ausmaß von 2 Semesterwochenstunden, zum Teil auch jahrgangsübergreifend, für jeweils ein Semester lang statt und dienen neben der Förderung von Begabungen und Interessen auch als Vorbereitung auf ein späteres Studium. Einzelne, aufbauende Kurse, wie zum Beispiel Sprachkurse (z.B.: Italienisch, Spanisch) können auch über mehrere Semester hinweg belegt werden und werden so maturabel.